La predisposizione genetica della celiachia consiste nella presenza degli alleli DQ2 e/o DQ8 del sistema di istocompatibilità di seconda classe (HLA).

La presenza di almeno una delle molecole codificate da questi alleli sulla superficie delle cellule presentanti l’antigene è condizione necessaria, ma non sufficiente, per sviluppare la malattia.

Infatti, solo il 30% della popolazione che presenta tali alleli sviluppa prima o poi la celiachia, inoltre è ormai accertato che altri fattori ambientali sono necessari affinché la celiachia si manifesti clinicamente.

La predisposizione genetica riflette uno degli eventi-chiave nella patogenesi. Infatti, solo le molecole HLA codificate dagli alleli DQ2/8 sono in grado di alloggiare nella propria tasca i peptidi della gliadina e quindi presentarli ai linfociti T che sono le cellule effettrici della risposta immunitaria.