La diffusione di OGM nell'ambiente e tra i prodotti destinati all'alimentazione animale e umana suscita alcuni interrogativi sui possibili rischi che ne possono derivare.
Bisogna considerare che i diversi OGM sono ottenuti mediante l'inserimento, attraverso diverse tecniche, di geni differenti: questo significa che i singoli alimenti GM e la loro sicurezza devono essere valutati caso per caso e che non è possibile fare considerazioni generali sulla sicurezza di tutti gli alimenti GM.
L'OMS afferma che gli alimenti GM disponibili attualmente sul mercato internazionale sono stati sottoposti a valutazioni del rischio ed è improbabile che presentino rischi per la salute umana.
Inoltre, nessun effetto sulla salute umana è stato dimostrato come risultato del consumo di tali cibi dalla popolazione nei Paesi dove sono stati autorizzati.
La continua valutazione del rischio basata sui principi del Codex Alimentarius e il monitoraggio dopo la commercializzazione è il presupposto per la valutazione della sicurezza degli alimenti GM
Allo stato attuale delle conoscenze, le ricerche sulla sicurezza degli OGM non hanno evidenziato rischi per la salute pubblica e per l'ambiente superiori a quelli che si verificano nel miglioramento genetico tradizionale, tuttavia sono state ipotizzate alcune tipologie di rischi sanitari legati al consumo di alimenti GM:
Per questi motivi, la produzione di alimenti transgenici è autorizzata solo dopo una fase di sperimentazione che ne esclude la tossicità acuta e cronica negli animali da laboratorio e l'allergenicità.
Per quel che riguarda il rischio di allergenicità è noto l'esempio di una varietà di soia geneticamente manipolata dalla ditta Pioneer nel tentativo di aumentare il contenuto in metionina e cisteina, di cui la soia è particolarmente povera, inserendo un gene derivante dalla noce Brasiliana che è particolarmente ricca di tali aminoacidi, ma anche nota per le sue potenzialità allergeniche.
I test preliminari mostrarono che la soia geneticamente modificata con il gene della noce brasiliana scatenava risposte allergiche in individui allergici alla noce brasiliana, ma non alla soia normale e quindi ne venne bloccata la commercializzazione. [Efficacia dei test per valutare l'allergenicità degli OGM, C. Ortolani]
Un'altro esempio è quello del mais StarLink (Aventis Crop Science USA LP) modificato per avere caratteristiche di resistenza alla piralide (insetto che distrugge le coltivazioni di mais, divorandone gli steli dall'interno); esso venne autorizzato nel 1998 in America unicamente in qualità di mangime per la zootecnia, ma venne successivamente rinvenuto in alimenti e sospettato di provocare allergie nell'uomo e di conseguenza ritirato dal mercato.
La FDA (Food and Drug Administration) incaricata dal CDC (Centers for Disease Control and Prevention) di un parere tecnico non ha confermato né smentito l'allergenicità dello Starlink.
Nell'ambito del Piano Regionale Sicurezza Alimentare 2002-2004 è stato realizzato uno studio esplorativo sugli atteggiamenti e sui bisogni informativi dei cittadini sul tema degli alimenti geneticamente modificati.
Scopo dello studio era raccogliere le opinioni dei cittadini sul tema degli alimenti geneticamente modificati per poter iniziare una riflessione sul livello di conoscenza e gli atteggiamenti della popolazione, nonché investigare i bisogni informativi del cittadino per progettare e realizzare campagne di informazione ed educazione alimentare